Istnieje wiele gatunków trufli. Jednym z najważniejszych jest biała trufel, czyli Tuber magnatum, która występuje przede wszystkim w regionie Piemont na północy Włoch, ale także w niektórych obszarach Chorwacji, Serbii i Francji. Jej zapach jest charakterystyczny i często wykorzystywany w wysokiej kuchni. Innym cennym gatunkiem jest czarna trufel, czyli Tuber melanosporum. Produkuje się ją przede wszystkim w regionie Perigord we Francji, ale można ją znaleźć również we Włoszech, Hiszpanii i kilku innych krajach. Istnieją również letnie czarne trufle (Tuber Aestivum Vittadini) o subtelnym zapachu oraz zimowe czarne trufle (Tuber Brumale Vittadini), które są znane ze swojego intensywnego i długotrwałego aromatu. Ponadto trufel bianchetto (Tuber Borchii Vittadini) ma słaby zapach na początku, który później staje się mocno przypominający czosnek.